Alors que les Lyoko-guerriers pensaient l’avoir détruit, XANA a survécu au sein d’un serveur et a repris des forces. Il a infecté un jeu en ligne, dont les joueurs ont créé un autre monde virtuel. Et alors que le terrain de l’usine allait être racheté, le Super Calculateur a été rallumé, laissant XANA libre de le réinvestir, avec le nouveau monde virtuel avec lui. La bataille n'a fait qu'être reportée, et elle vient de reprendre.
